Seit ca. 1740 hatte Rotenberger einen eigenen Pfarrer (Andreas Bauman). Am Platz der jetzigen Pfarrkirche befand sich die aus dem 15. Jahrhundert stammende alte St.-Nikolaus-Kirche mit einer St.-Anna-Kapelle. Diese sollten im Jahre 1803 renoviert werden, die Kurfürstliche Kirchenkommission stellte jedoch fest, dass diese baufällig sei.
So wurde im Jahre 1805 mit dem Bau einer neuen Kirche begonnen. Der Turm an der Südseite stammt Großteils aus dem alten Gotteshaus. Die Kirche war bis zum Dachstuhl gebaut, da bekam das Mauerwerk Risse, woraufhin das Bauwerk wieder abgebrochen und auf einem von Holzstämmen gefertigten Rost neu errichtet zu werden. Zur damaligen Zeit bestand die Gemeinde aus 122 Seelen, darunter 32 Bürger.
1812 wurden Reparaturen, Fassungsarbeiten und Abstimmungen zwischen dem Hochaltar und den Seitenaltären vorgenommen. Im September 1813 wurde die Kirche gedielt und die Beichtstühle repariert. 1823 erfolgte die Anschaffung einer neuen Kirchenuhr.
Laut Bericht des Erzbischöflichen Bauamts Karlsruhe vom 9. Oktober 1873 waren die Gemälde der Seitenaltäre „unerquicklich kunstlos und der heiligen Stätte nicht geziemend“. Für die neuen Ölgemälde wurden die Darstellungen des hl. Erzengels Michaels und der hl. Anna mit Maria und dem Jesuskind gewählt, die alten Bilder wurden gegen eine Vergütung von neun Gulden dem Rauenberger Pfarrer Honikel überlassen.
Im Jahre 1877 wurde die Orgel von Orgelbauer Dürr (Hardheim) repariert und umgebaut. Nach Aufzeichnungen aus dem Jahre 1885 wurde die Sakristei erweitert, diese erstmals erweiterte Sakristei entspricht heute dem Gruppenraum der Ministranten. Im September 1889 wurde ein neues Geläut angeschafft. 1895 wurde die Kirche renoviert und es wurden die Verstärkungspfeiler am Giebel der Kirche auf gemauert.
Erst 1903 sind die beiden Deckengemälde gemalt worden. Im September 1909 installierte man in der Kirche eine elektrische Beleuchtung. Im September 1911 wurde eine Rohrheizung in die Kirche eingebaut. Im Jahr 1913 bekam die Pfarrkirche eine neue Orgel durch die Firma Voit und Söhne (Durlach).
Im Jahre 1920 erhielt der Turm zwei neue Glocken, da die vorhergehenden aufgrund des Krieges 1917 beschlagnahmt wurden und abgeliefert werden mussten (eine Glocke von 1889 konnte behalten werden). Die Glocken wurden von Bürgermeister Eugen Menges und dessen Frau Emma, geborene Spieß gestiftet. Gegossen wurden die beiden Glocken von der Firma Grüninger (Villingen).
Eine Innenrenovierung wurde 1942 begonnen und kriegsbedingt erst 1946 zu Ende geführt.
Im Zweiten Weltkrieg waren zum zweiten Mal die Kirchenglocken abgeholt worden. 1949 konnten zu einer noch bestehenden Glocke (von 1889), drei neue Glocken in Weißbronze angeschafft werden. 1959 wurde dieses Glockengeläut elektrifiziert.
1968 wurden die Kirchenbänke erneuert, dies war verbunden mit der Fangung des Mauerwerks unter der Kirche. Dies war vor allem durch das Sinken des Grundwasserspiegels notwendig geworden, da der Holzrost auf dem das Fundament der Kirche von 1805 gebaut war, morsch und faul wurde.
1979 verließ nach rund 230 Jahren der letzte Pfarrer (Fritz Sautner) das Rotenberger Pfarrhaus – im selben Jahr wurde mit dem Bau einer neuen Sakristei begonnen, welche sich südlich des Chorraums, zwischen dem Glockenturm und die alte Sakristei anschließt. Am 22. März 1981 wurde die neue Sakristei eingeweiht. Im selben Atemzug wurde die heutige elektrische Anlage installiert, eine Innenrenovierung der Kirche ausgeführt (1983) und eine Außensanierung (1985) erfolgte.
1986 erhielt die Pfarrgemeinde die heutige Orgel, diese wurde von Orgelbaumeister Göckel (Rettigheim) mit 12 Registern und 806 Pfeifen geliefert. Die Orgelweihe fand am 4. Adventsonntag 1986 im Rahmen einer Kirchenmusikalischen Andacht statt.
Die letzte Innenrenovierung fand im Frühjahr 2003 statt, bei der neben umfangreichen Malerarbeiten im Innenraum und der Erneuerung der Kirchenbänke, die Neugestaltung des Chorraums, sowie der Einbau einer vollautomatischen Heißluftheizung, welche größtenteils die alte Rohrheizung von 1911 ablöste, im Mittelpunkt stand.